Проверил карту через wolf, получилось 12128.6 реальная частота, но как и предполагал, эта поправка для каждой программы должна вноситься. Т.е. на wspr это никак не подействовало, показывает отклонение по частоте как и раньше.
Похоже, что неточность влияет не только на отклонение частоты на спектре, но и какие-то внутренние расчеты в wspr базируются на эту частоту семпл, из-за чего декод плохой.
Картинка тот же сигнал, на одной карте за диапазоном приема, на другой нормально.